计算机工程系成立于2003年，设有计算机科学与技术专业（含嵌入式软件、移动互联专业方向）及软件工程专业，并根据社会需求及时调整每年的招生专业方向,目前在校生人数近1000人。

该系依托东南大学的办学力量，在专业设置与定位、培养方案、师资队伍、培养模式、课程体系、基础条件以及教学管理等方面进行了不断探索、改革和系统化的建设，取得了明显成效。计算机科学与技术专业2010年被列为学院特色专业，2011年被列为江苏省培养服务外包人才首批试点单位。

该系注重应用型人才的培养，与国内多家企业合作共建实习实训基地，积极组织学生参加全国大学生英语竞赛、江苏省高等数学竞赛和全国大学生程序设计大赛，培养了学生的实践能力和创新意识。

近年来该系毕业生受到社会的广泛评好，供不应求，就业率高达99%以上。就业去向为在国内外著名的IT公司、（含服务外包企业）、各类制造业和服务业、事业单位、政府行政管理部门、学校、科研等部门从事计算机软件、硬件系统以及计算机综合应用系统的规划、设计、开发、测试、项目管理及研究等工作。同时，每年有一定数量的学生考取国内外知名院校硕士研究生。